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TASSONOMIA - TASSONOMIA CONVENZIONALE, TASSONOMIA MOLECOLARE

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TASSONOMIA

Scienza della classificazione nomenclatura ed identificazione, tradizionalmente basata su caratteri fenotipici.

FILOGENESI chiarita per i procarioti solo recentemente mediante analisi del genotipo cellule d’origine ancestrale (geni per il 16s ribosomiale presenti in tutti i microrganismiÞ posso stabilire l’origine da progenitori comuni).

I metodi fenotipici rimangono utili quando il fine è quello pratico di identificare un microrganismo e di classificarlo. Es. microbiologia clinica diagnostica.


TASSONOMIA CONVENZIONALE

Basata su: morfologia, reazione Gram, capsula, pigmenti, prodotti di fermentazione esigenze gassose, di pH e di temperatura, patogenicità, caratteristiche immunologiche, sensibilità agli batteri diventano immuni agli antibiotici" class="text">antibiotici e habitat.


Per identificare un batterio posso valutare la composizione delle basi del DNA e concentrarmi sul contenuto di guanina e citosina, espresso come % molare sul totale.



Può variare dal 20% al 75%.

% Gc è specifico per un dato microrganismo, ma non esclusivo per quella specie (es. B.Subtilius e Pasteurella spp Gc 42%). Il dato quindi è utile a scopo descrittivo, non esclusivo.


TASSONOMIA MOLECOLARE

Tecnica bi base IBRIDAZIONE DNA-DNA

Ho diversi microrganismi, devo sapere se sono uguali o meno se hanno numerose sequenze nucleotidiche uguali molti geni saranno uguali o similiÞ se io prendo il DNA, lo estraggo, lo riduco e separo le due eliche, poi tratto le eliche separatamente con un marcatore, avrò tutti i frammenti radioattivi. Poi faccio lo stesso con gli altri batteri, senza però marcare il DNA.

Passo all’ibridizzazione mescolo insieme il DNA dei vari microrganismi.

  1. riaccorpo le eliche del primo batterio sono perfettamente complementari
  2. accorpo i frammenti del Dna del primo batterio con quelli del secondo, per verificare se ci sono parti complementari. Ottengo una buona percentuale d’ibridi.
  3. Procedo allo stesso modo per tutti i vari Dna.

Nell’esperimento ci deve essere un eccesso di Dna non radioattivo, per evitare che quello radioattivo leghi con se stesso.

Si misura la radioattività. Sarà completa nel primo esperimento (100% maker positivo)


1 X 1 Se due batteri ibridano sopra al 70% sono della stessa specie.

1 X 2

1 X 3 Siamo sullo stesso genere (Bacillus)

1 X 4 Sono completamente diversi



RIBOTIPIZZAZIONE

Utilizza il metodo di Southern Blot per evidenziare il polimorfismo dei geni dell’RNAr presenti in tutti i batteri.


Rna di due batteri diversi, indicano agli enzimi di restrizione di operare dei tagli nell’acido ribonucleico in diversi puntiÞ PROFILO di RESTRIZIONE. Se i batteri sono diversi, avremo un numero diverso di pezziÞ profili diversi.




SPECIE BATTERICA

Un procariote la cui sequenza del 16sr RNA differisce di più del 3% da quella di tutti gli altri organismi (l’identità della sequenza è < 97%) deve essere considerato una nuova specie.


A supporto di questa proposta:

Microrganismi con sequenze identiche < 97% di solito ibridano a meno del 70%. Ci sono delle eccezioni, ma il valore 97% associato ad analisi fenotipica è utilizzato per differenziare le specie fra i procarioti.

                        INDAGINE GENOMICA + OSSERVAZIONE FENOTIPICA

Una nuova specie è definita studiando e caratterizzando numerosi ceppi, poi viene segnalata a riviste specifiche.


CEPPO TIPO particolare coltura da cui è stata descritta la specie. Ogni specie ha il ceppo tipo che è depositato presso le COLLEZIONI di COLTURE BATTERICHE (ATCC laboratorio americano). Il ceppo tipo serve com’esempio permanente della specie.


CEPPO di REFERENZA usato in studi di malattie infettive e per lavori di laboratorio. Servono per garantire sistemi di controllo, in modo da avere condizioni uguali in tutto il mondo.


BIOTIPI o BIOVARIETA’ organismi raggruppabili nella stessa specie, ma con piccole caratteristiche biochimiche o fisiologiche diverse.

Può essere importante conoscere queste differenze per sapere se c’è relazione fra le fonti di contagio, permette anche di seguire la strada del patogeno. Se uso una tecnica grossolana non posso distinguere i vari biotipi BIOTIPIZZAZIONE.


SIEROTIPO hanno differenze di tipo ANTIGENICO. Sono importanti perché alcune differenze biochimiche sono così piccole che non si riesce a distinguere le specieÞ devo studiarne le caratteristiche di superficie SIEROTIPIZZAZIONE.


FAGOTIPI differenze di sensibilità a diversi batteriofagi compresi in un determinato schema FAGOTIPIZZAZIONE.


RESISTOTIPI differenza nella sensibilità agli antibiotici.








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